Axe 4 - Approfondir la compréhension des microbiotes et des interactions microbiennes

Les levures n'agissent pas isolément pendant la fermentation alcoolique, mais interagissent étroitement avec d'autres microorganismes et l'Homme. 

Cet axe vise à approfondir notre compréhension de l'incidence de ces interactions sur le procédé fermentaire et la qualité du produit final autour de deux thèmes: l'écologie environnementale et l'ingénierie écologique.

Questions scientifiques

Les questions scientifiques s’articulent autour des deux thèmes principaux de cet axe. La principale question du premier axe d’écologie environnemental, porte sur le lien entre itinéraire technique, microbiote et qualité du produit final tout en décortiquant les flux microbiens d’un compartiment à l’autre.

 Pour ce qui est du second thème d’ingénierie écologique les deux principales questions sont : quelles sont les conditions permettant à un mélange de souches d’être plus performant que ses éléments isolés et quelles sont les bases génétiques et moléculaires des interactions ?

 Thématiques de recherche

L’axe « Communautés microbiennes » s’articule autour de deux approches complémentaires.

1 - Une première approche top-down examine les liens entre la diversité du microbiote, les procédés de production des aliments et boissons, leurs environnements et la qualité des produits en mobilisant des méthodes d’écologie environnementale et de génomique des populations

2 - Une seconde approche bottom-up cherche à décrypter les règles d’assemblage des communautés en les reconstruisant à partir de souches isolées, selon une démarche d’ingénierie écologique voir d’écologie synthétique quand on prend en compte l’amélioration spécifique des souches pour leur rôle dans les consortia.

 Sur le plan organisationnel, l’axe scientifique « Communautés microbiennes » est rattaché à l’équipe LIGEM de l’UMR SPO.

Responsable de l’axe
Thibault Nidelet
Directeur de Recherche INRAE
thibault.nidelet@inrae.fr